Zagranicznego VAT nie trzeba księgować.

VAT należny nie jest przychodem a naliczony co do zasady kosztem. Rzecz w tym, że Fiskus odnosił te regulacje wyłącznie do polskiego podatku od towarów i usług, zupełnie inną praktykę zaś przyjmował w odniesieniu do podatku od wartości dodanej zapłaconej przez podatnika za granicą. Ostatnie interpretacje pokazują jednak, że stanowisko Fiskusa ulega zmianie.
 
https://www.rp.pl/VAT/311279923-Fiskus-zmienia-zdanie-nie-ksiegujemy-unijnego-VAT.html